3. eleme turunda, 2. eleme turunu geçen 23 takımın yanı sıra Süper Lig'den Yeni Malatyaspor, Hes Kablo Kayserispor, MKE Ankaragücü, Atakaş Hatayspor, Büyükşehir Belediye Erzurumspor, Fatih Karagümrük, TFF 1. Lig'de yer alan 18 takım, Misli.com 2. Lig'den 39 takım olmak üzere toplam 86 takım yer alacak. Kupa statüsünün 2A-c maddesinde belirtildiği üzere, bu 86 takımdan 43 takım seri başı olacak ve müsabakalar seri başı takımların sahasında oynanacak. 3. eleme turu tek maç eleminasyon sistemine göre oynanacak. Genel pandemi tedbirleri kapsamında kulüp temsilcilerinin katılmayacağı kura çekimi, Ziraat Türkiye Kupası yayıncısı A Spor kanalı tarafından canlı olarak yayınlanacak.